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科学研究

李霞、王栋课题组开发细胞死亡与疾病非编码RNA信息资源与分析系列平台

时间:2014-11-04 15:30:394  作者:  点击:

生物信息科学与技术学院李霞教授、王栋副教授带领课题组在夯实的数据挖掘与分析基础上,构建了细胞死亡与疾病非编码RNA信息资源与分析系列平台。该系列平台实现了哺乳动物(含人类)细胞死亡过程的非编码RNA资源收集与作用机制分析,病原体入侵宿主过程的非编码RNA介导的基因(蛋白质)协同作用,重大疾病发生过程的重要非编码RNA识别与作用方式研究,以及人类RNA与RNA、RNA与蛋白之间的相互作用网络构建。该系列平台的建立将为生物医学专家深入研究非编码RNA在不同生理、病理过程的重要作用提供广泛而全面的信息资源,近两年,相关研究成果连续发表于Autophagy (SCI IF=12.04)、Nucleic Acids Research (SCI IF=8.81)、Cell Death and Disease (SCI IF=6.04)、RNA (SCI IF=5.09)等国际著名生物医学期刊。

人类基因组计划的完成及新一代测序技术的广泛应用,使得非编码RNA研究成为人类生理、病理过程研究的重要组成部分和前沿研究领域,细胞死亡与疾病系列非编码RNA信息资源与分析平台的构建将为生物医学科学工作者开展研究提供重要的支撑作用。

非编码RNA介导的细胞死亡网络分析平台(miRDeathDB,www.rna-society.org/mirdeathdb/)完善了细胞死亡相关miRNA信息,进一步分析死亡相关miRNA-靶蛋白网络,识别单通路调控作用的miRNA以及跨通路调控作用的miRNA两类不同性质和功能的miRNA,可以系统的识别细胞死亡途径中关键非编码RNA分子,揭示非编码RNA在肿瘤细胞的自噬、凋亡等各种细胞死亡途径的分子基础,从细胞死亡调控网络出发研究各种疾病的致病机理,为疾病的治疗提供了新的思路。

非编码RNA与病原体宿主的互作信息资源平台(ViRBase,www.rna-society.org/virbase)利用不同非编码RNA操纵细胞和病毒基因的表达反应,初步实现了61种病原体与24种宿主间入侵过程的近12000条非编码RNA异常及其介导的RNA与蛋白的互作关系。

非编码RNA与疾病的互作信息资源平台(MNDR,www.rna-society.org/mndr)实现了岂今为止发现的人类等哺乳动物1149条非编码RNA与疾病调控关系的收集和分析,能够直观的反映非编码RNA与疾病之间的相互关系,为进一步的疾病相关新非编码RNA的发现和功能验证提供有益的借鉴。

人类非编码RNA、蛋白质互作信息资源平台(RAID,www.rna-society.org/raid/)基于文本挖掘技术,实现了人类RNA与RNA、RNA与蛋白互作信息的收集与可视化,收录了已公开发表的全部4493条RNA与RNA、1619条RNA与蛋白质调控关系,能够清晰地显示人类非编码RNA之间与蛋白之间的调控关系,对于生理和病理状态下的非编码RNA作用机制研究有重要意义。