近期，生物信息科学与技术学院李霞教授课题组利用芯片重注释的方法整合RNA-seq、DNA甲基化芯片及临床信息等不同水平组学数据，解析了lincRNA在人类癌症中的特异性DNA甲基化调控模式，并且识别出具有癌症类型特异、癌症亚型特异以及预后相关甲基化模式的lincRNA，这些lincRNA可能参与肿瘤的发生及发展过程。研究成果于国际著名期刊Nucleic Acid Research（SCI影响因子8.49）发表。
基因间区长非编码RNA（lincRNA）为一类长度大于200个核苷酸、转录自基因间区的RNA。lincRNA通常缺乏蛋白编码能力，但是在生命活性过程的调控中发挥着重要作用。许多lincRNA被发现在人类癌症中表达异常，并通过调节细胞凋亡、提高细胞的致癌性或抑制肿瘤生长来影响疾病的进展。尽管一些lincRNA（如lincRNA_p21、HOTAIR、PCA3等）在多种癌症中被解析出比较明确的分子机制，但是对于lincRNA在肿瘤及正常组织中的调控机制，特别是在lincRNA是否受到DNA甲基化的调控方面至今未能得到明确的解释。
李霞教授指导智慧、宁尚伟等博士、青年教师完成的研究成果，旨在通过研究lincRNA相关的甲基化水平数据，在人类正常组织及癌症组织中分析lincRNA不同功能区域的甲基化模式。研究首先开发了一种重注释策略，将来自Infinium DNA甲基化芯片的探针重新注释到lincRNAs相关的功能位点。继而利用Infinium 450k DNA甲基化芯片数据重注释结果，构建了20种不同癌症类型的4629个肿瘤样本及705个正常样本的DNA甲基化谱。
研究发现，lincRNA在不同癌症中具有差异的DNA甲基化模式。根据lincRNA在肿瘤样本中的启动子甲基化水平，研究人员将2461个具有注释到启动子区域的甲基化探针的lincRNA进行了分类，发现在肿瘤样本中属于抗甲基化的lincRNA（RM lincRNA）具有相对保守的转录调控区域，并在正常组织中存在普遍的表达。通过整合癌症亚型数据及病人临床数据进行分析，识别出癌症状态特异、癌症亚型特异及预后相关甲基化模式的lincRNA（GAS5、MEG3、HOTAIR等）。在对癌症－异常甲基化lincRNA网络的分析结果中发现，具有在肿瘤样本与正常样本异常甲基化模式的lincRNA，如lincRNA_002726（前列腺癌）、XLOC_013045（子宫内膜癌）等，可能参与了肿瘤的发生及发展过程。该研究发现的高甲基化及低甲基化lincRNA为开发lincRNA作为生物标记物及潜在的癌症治疗靶点提供了新的视野。
